O Rio Jacaré Pepira não recebe, diretamente, grandes lançamentos de poluidores. Sua maior carga de poluentes são os esgotos domésticos, recebidos através de seus vários tributários, que passam por municípios mais habitados para depois desembocar nele.
A degradação mais evidente e notada em todo o percurso do Rio Jacaré foi o assoreamento. Em vários pontos foram identificadas bancas de areia às margens do leito do Rio. Vários momentos a equipe precisou deixar as embarcações e arrastar os barcos como pode ser visto na figura 32. As bancas de areia fazem parte de um movimento natural do rio que é justamente o de eliminar a carga de areia do leito jogando para as suas margens. Este movimento é natural no Jacaré -Pepira por ser um rio encaixado, ou seja, leito bem definido.
Outra interferência notada foi as várias captações de água instaladas nas margens do rio. Em vários pontos em todo o seu percurso há captações de água todas direcionadas para irrigação, como pode ser visto nas figuras 36 e 37 e bebedouros. Por ser um rio com pouca ou quase nenhuma carga poluidora há vários pontos onde o bebedouro de água para gado é diretamente o rio. Essas interferências quando não controladas podem causar grande degradação ambiental das margens como pode ser visto na figura 29; 30 e 31.
Outro ponto que chamou a atenção foi no terceiro dia, quando encontramos um local onde o leito do rio foi bastante alterado, devido principalmente ao assoreamento, como pode ser notado na figura 33.
Já no fim do terceiro dia podemos observar outro forte indicador de desequilíbrio ambiental: o grande número de aguapés na entrada do pantaninho (Ibitinga) e a quantidade de algas presentes no leito e na cobertura da água como mostra as figuras 34 e 35.
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